Fakultas Farmasi Unpad memiliki 4 departemen, yaitu Departemen Biologi Farmasi, Departemen Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal, Departemen Farmasetika dan Teknologi Farmasi, Departemen Farmakologi dan Farmasi Klinik. serta Departemen Biologi Farmasi.

Setiap departemen dipimpin oleh Kepala Departemen dengan tugas  merencanakan, melaksanakan mengembangkan, mengendalikan, dan mengevaluasi mutu sumber daya dosen, sarana dan prasarana, serta kerja sama dalam satu dan/atau beberapa cabang disiplin ilmu pengetahuan dan teknologi melalui kegiatan pendidikan, riset, pengabdian kepada masyarakat, dan publikasi ilmiah.

Departemenlah yang kemudian memegang peranan besar dalam proses pengembangan ilmu pengetahuan di Fakultas Farmasi.